El conteo de votos se vio afectado por el abandono de miembros de mesa en dos instituciones educativas, informó Armando Echeverría, coordinador de la ODPE Cerro Colorado. En la institución educativa 40555 Romeo Luna Victoria, los tres integrantes de la mesa 005923 dejaron sus funciones durante el proceso, tras contabilizar únicamente las cédulas correspondientes a las elecciones presidenciales y de senadores a nivel nacional.
El personal de la ONPE intentó ubicarlos para retomar el conteo de votos de senadores regionales, diputados y Parlamento Andino; sin embargo, ya no se encontraban en el local. Esta situación generó retrasos en el recojo del material electoral y obligó al traslado de escolares por más de tres horas hacia el complejo Rayo Chachani, afectando el desarrollo regular de las actividades escolares.
Un hecho similar se registró en la institución educativa San Juan Bautista de La Salle, donde una fiscalizadora electoral encontró, en la madrugada del 13 de abril, la mesa N.º 007497 sin miembros de mesa y con actas sin resguardo. Tras la verificación, se solicitó la intervención policial para dejar constancia de lo ocurrido y asegurar el material electoral.
Posteriormente, agentes policiales, en coordinación con personal del Jurado Nacional de Elecciones (JNE) y la Oficina Nacional de Procesos Electorales (ONPE), realizaron el recojo del material para su embalaje en la respectiva ánfora, conforme a los protocolos establecidos.
Ante estos hechos, el Tercer Despacho de la Segunda Fiscalía Provincial Penal Corporativa de Arequipa inició una investigación preliminar por 30 días por el presunto delito electoral. Entre las diligencias se incluye la toma de declaraciones de fiscalizadores, miembros de mesa, personal policial y funcionarios electorales involucrados en ambos casos reportados.
